La soluzione che hai trovato è molto ben fatta, complimenti!
In effetti le virgole ora stonano.
Tutta quella parte delle sottocartelle, sta in un area con classe "ccartsub".
Non la puoi nascondere, perché nasconderesti tutto, ma puoi cambiare colore del testo semplice (i link non verranno toccati) per cambiare colore anche alle virgole...
.ccartsub {
color: #A8A8A8;
}
Puoi anche mettere "transparent" come colore, però nasconderesti anche la scritta "Cartelle: " creando un vuoto fastidioso.